Pues no estoy muy seguro pero me suena o bien a un exceso de humedad o a un problema del suelo. El exceso de humedad es fácil de detectar, pero el problema del suelo es algo más complicado. Las cucurbitáceas (calabaza, pepino, calabacín…) quieren suelos sueltos, muy bien abonados con materia orgánica, aireados… La posibilidad de que sea algún hongo es menos probable porque a esa familia de plantas lo que más le afecta es el oidio (una especie de manchas de ceniza gris/blanquecina) y suele presentarse a finales de verano o comienzos de otoño, cuando la humedad y el frío aumentan.
Además, si se tratara de un hongo, creo que lo habrías detectado antes en las hojas.
Espero que te sirva