Hola. Para poder responder a tu pregunta hacen falta más datos: qué usas, su composición, tiempo que dejas la semilla en contacto con…en fin, un poco más de información.
De todos modos, hay algo que no deja lugar a dudas: los compuestos que «animan» a una semilla a comenzar su germinación, deberían estar «con ella», cuando llegue a la tierra. Esa costumbre de poner las semillas a remojo previamente, hace que a veces esos compuestos (ácidos giberílicos, etc) se queden en el agua y privan a la semilla de su aporte en el momento en que realmente lo necesita. No estoy diciendo que este sea tu caso, solo comento este dato, a la espera de que nos amplies la pregunta.
hasta pronto