Hola Mikel La verdad es que las causas son múltiples pero hay unas cuantas más frecuentes:
Temperaturas extremas o con cambios muy bruscos del día a la noche
Sustrato muy pobre o muy rico en nutrientes (sobre todo nitrógeno)
Aplicación de fungicidas que contengan cobre.
Aunque como te digo, hay bastantes más (los bichos, por ejemplo), estas tres suelen ser habituales. Tratándose de macetohuertos, no creo que tenga que ver con la temperatura (a menos que la ubicación sea el problema, pero eso lo sabrías si has cultivado en esa zona en otras ocasiones), sino más bien con la calidad del sustrato y con que lo hayas abonado.
El nitrógeno en exceso suele inhibir la floración, más que hacerla caer así que, a menos que hayas utilizado un producto inadecuado, podríamos descartarlo como causa. Para poder ayudarte mejor, sería importante que nos dijeras algo de ese sustrato, si has usado un compost fresco o estiércol, etc.